Гротескні, схожі на Ґодзіллу монстри, які називаються " кайджу", з'являються по всій Японії вже багато років поспіль. Для боротьби з цими чудовиськами елітний військовий підрозділ, відомий як Корпус оборони, щодня ризикує своїм життям, щоб захистити мирних жителів. Після того, як істота вбита, "прибиральники", що працюють під егідою Корпорації професійних прибиральників кайджу, залишаються, щоб позбутися його останків.

Група нінджя планує оживити могутнього демона, і коли його дух возз'єднається з тілом, світ буде знищено. Єдиний спосіб запобігти цьому - запечатати його назавжди, щоб Шіон, служителька храму, не допустила цього. Наруто Узумакі доручено охороняти її, але одна річ заважає Шіон прийняти його допомогу: вона також має здатність передбачати смерть - і вона передбачила, що його смерть наближається незабаром. Щоб уникнути своєї долі, Наруто повинен триматися подалі від Шіон, але, незважаючи на це, він вирішує кинути виклик пророцтву, щоб захистити Шіон і світ.

З наближенням Четвертої великої війни нінджя в Сунаґакурі проводять спеціальний іспит чунінів, щоб посилити війська союзних сил шінобі. Серед учасників - Конохамару Сарутобі, амбітний новачок, і Наруто Узумакі, який став відомим нінджя. Незважаючи на значну різницю в майстерності, Конохамару в захваті від перспективи проявити себе в змаганні з Наруто - єдиною людиною, якою він одночасно захоплюється і яку бачить своїм суперником.

У центрі сюжету - сільський хлопчина Тацумі, який разом із друзями вирушив на підкорення імперської столиці заради того, щоб допомогти рідному селищу. Але, на жаль, серце імперії давно прогнило і через дитину-імператора править міністр, який встановив свої порядки в імперії. Місто тероризує банда "Нічний рейд", яка й напала на родину аристократів, що прихистила Тацумі. Проте милі господарі виявилися садистами, які заманюють наївних провінціалів, а друзі героя давно померли в їхньому підвалі. Тацумі власними руками помстився за друзів, і тепер має лиш один шлях - до банди.