Сюжет фільму заснований на спалахах Четвертої світової воїни між країнами Шинобі, коли Ніндзя володіють унікальними здібностями (Кекей Генкай) починають зникати з Комогакуре, Івагакуре, Кірігакуре, і Суногакуре. Країна Вогню єдина не піддалася нападу, тому всі підозри падають на неї, інші Країни Шинобі починають готувати план нападу! У Країну Вогню вторгаються Шинобі з різних селищ і кажуть, що якщо це не припиниться вони будуть змушені напасти на Коноху! Глава Країни Вогню Даймьо наказує Тсунаде будь-якими шляхами довести, що Коноха не винна. У випадку, як їй не вдасться довести невинність Конохи, Країна Вогню будить змушена зруйнувати село щоб зберегти мир між Країнами Шинобі! Цей злочинець і головний герой фільму, Хіруко, є втікачем ніндзя (Нукенін), зниклим з Конохи ще за часів Третьої Світової Війни Шинобі. Хірука багато років займався розробкою Техніки Химери, яка дозволяє йому...

Сабуро - учень середньої школи, який не бачить сенсу у вивченні історії. За його словами, це не стане в нагоді йому в нинішньому житті. Але як би там іронічно не було, все відбувається повністю навпаки. При випадковому падінні з висоти, Сабуро переноситься в минуле Японії, а саме в період Сенґоку. Звідси і починаються пригоди хлопця з середньої школи, якому довелося відтворити історію Японії від першої особи, ставши Ода Нобунаґою.

У світі, що складається з численних островів, молодий герой з острова Астора зустрічає авантюриста Кайла і прямує за ним у експедицію на острів. Вони зустрічають таємничу дівчину на ім'я Іріс та білу кішку що розмовляла. Вони разом подорожують до місця, де знаходять острів, що літає. На ньому Кайла захоплює таємнича енергія, після чого він розповідає про 7 "Великих рун" та зникає. Так починається цікава подорож за рунами.

Дія аніме відбувається в світі, яким правлять не люди, а духи, гобліни та інші надприродні і незвичайні для людей істоти. А ось люди знаходяться в тяжкому становищі, адже їх переслідують і навіть винищують. Одного разу трапляється так, що перетинаються шляхи двох істот - маленької дівчинки, яка зуміла якось вижити, і голема, який служить хранителем лісу. Нехай вони належать двом абсолютно несхожим видам, але знайшовши один одного в хвилину самотності, вони продовжують свій шлях разом. Це історія про довіру, дружбу і зв'язку, яка народжується між батьком і дочкою.