Джін Хаято очолює Дослідницький Інститут Саотоме. Він планує використати «останню спадщину» професора Саотоме, Ґеттер Робо Арк, щоб врятувати Землю від інопланетного вторгнення. За волею долі, новим пілотом стає син Наґаре Рьоми — Такума.

Японія, рік 2019, напередодні світанку нової епохи у небі з'являється розлом, що веде в інший вимір, альтернативний світ "Істинну Японію". У тому світі ще зберігся радикальний японський мілітаризм часів двох світових війн. Довго не думаючи, люди з альтернативного світу вирішили завоювати знайому всім нам Японію. Опір японців виявився недовготривалим, адже проти них використали неперевершені й доти небачені воєнні технології, гігантських гуманоїдних роботів Гаранів. Тогочасний уряд швидко впав, а нова епоха так і не настала... Десять років потому здавалося і сліду не залишилося від колись такої популярної субкультури отаку, але завжди є але...

Через кілька років після знайомства, Наомі Армітаж та Росс Силібас утворили сім'ю. Вони мають приховувати, хто вони такі насправді, адже чимало людей вважають, що роботи не заслуговують однакових прав з людьми. Росс Силібас отримує можливість змінити подібне ставлення завдяки голосуванню за ухвалення Закону про права роботів, однак певна тіньова організаціє встає на заваді здійснення його намірів.

У далекому майбутньому людство вигнали до підземного світу під назвою Лабіринт, де воно і змушене жити. Лабіринт має кілька колоній, що живуть удосить суворих умовах: в деяких підтримується неймовірно висока температура, в той час як інші переповнені покладами золота й срібла. В одній з цих колоній під назвою Піньінь разом зі своїм батьком Ґаґамбою живе дуже допитлива дев'ятирічна дівчинка Мемемпу. Як «робочі», найнизькооплачуваний клас, вони керують роботом, який викопує руду. Одного разу Мемемпу просить батька взяти її з собою і відправитися на пошуки матері. Ґагамба отримує дуже небезпечну, але привабливу роботу дослідника печер - того, хто складає карти внутрішньої частини Лабіринту. Один крок з колонії — і ви вже нанебезпечній території, де можна зустріти величезну загадкову істоту, яка тиняється печерею, а шанс вижити зовні зменшується до п'яти відсотків. Відтоді, як дослідження...

Події "Блакитної раси" відбувається в не далекому майбутньому. Люди були замінені на вершині харчового ланцюга Блакитною расою чужинців, подібних до жуків, які колонізували Землю і відтіснили людей. Космічна станція "Друга Земля", була побудована як безпечний притулок для людей, з надією, що одного дня Землю буде повернуто.

Однолітня Війна між Федерацією та Зіоном підходить до свого завершення, знову перемістившись у космос. Амуро Рей починає розуміти та використовувати свої здібності Ньютайпа. На його шляху стає Червона Комета Шар Азнабль та загадкова дівчина Лала Суне́, яка знає відповіді на всі його запитання. Чи зможе Федерація перемогти Зіон? Чи зможе Шар довести, що він кращий Ньютайп, ніж Амуро? На ці запитання дасть відповідь завершальна частина трилогії...

0105 рік Універсального століття. Минуло дванадцять років з моменту закінчення війни, відомої як Повстання Чара. Світ ще не повністю оговтався від хаосу, подекуди продовжують спалахувати короткочасні воєнні конфлікти. Уряд Альянсу Землі корумпований навіть більше, ніж будь-коли. Він не тільки прискорив забруднення Землі, а й запровадив нелюдську політику, згідно з якою мирних жителів можуть примусово виселити у космос. Організація «Мафті», яку очолює Мафті Наву Ерін, виступає проти корупції Альянсу Землі. Здійснюючи низку терористичних актів, в яких убиває кілька високопосадовців уряду Альянсу, Мафті отримує певну підтримку серед населення, яке стає дедалі більше незадоволене правлінням чиновників. Чоловік, що називає себе Мафті та очолює цю організацію, - Гетевей Ноа - син відомого офіцера Сил Оборони Альянсу Землі. У минулому Гетевей приєднався до сил Альянсу Землі, щоб зупинити...

0079 рік Універсального століття. У розпалі Однолітня війна між герцогством Зеон та Земною Федерацією. Експериментальній дивізії «Живі Мерці» наказано до прибуття підкріплення стояти на смерть, обороняючи Грозовий сектор від вторгнення Братства Мура, яке воює на боці Земної Федерації. Під час запеклої битви на полі бою зустрічаються пілот-ас федералів Іо Флемінг і талановитий снайпер Зеона Деріл Лоренц.

У далекому майбутньому злий Дратівник відроджує дев'ять генералів, найстрашніших в історії Обманоїдів. Рятуючи деяких жителів планети, зруйнованої ними, лідер Кібертрона серйозно пошкоджується. Лідерство силами Кібертрона передане героїчному трансформеру Атласнику. Разом зі Звукобієм він повинен захистити від Дратівника таємничий кристал на Землі, відомий як «Зодіак».

Альтернативний світ 2029 року - світ, у якому співіснують люди і високотехнологічні кіборги, здатні напряму взаємодіяти з Мережею. Головний персонаж фільму - майор Дев'ятого відділу Кусанаґі Мотоко - кіборг з людським розумом усередині кібернетичного тіла. Основне завдання відділу - спіймати оголошеного в міжнародний розшук невловимого хакера, який через велику кількість жертв його діяльності та мимовільних посібників злочинів отримав прізвисько "Лялькар". Згодом виявляється, що насправді все не так, як здається на перший погляд... У фільмі ставиться безліч питань. Що саме робить нас нами? Що таке людська свідомість: безперервний ланцюг електричних імпульсів нервових клітин чи звичайнісінький потік даних, згенерованих невідомим хакером? Де проходить межа між "я" і "не-я", людиною і лялькою, душею та штучним інтелектом, життям та смертю?

Війна між Земною Федерацією та Герцогством Зіон продовжується, тепер вже на Землі. Пілот Ґандаму Амуро Рей починає краще розуміти всі жахи війни після протистоянь із одним із асів Зіону Рамбою Ралем та його мобільним костюмом - Ґуф.