Альтернативний світ 2029 року - світ, у якому співіснують люди і високотехнологічні кіборги, здатні напряму взаємодіяти з Мережею. Головний персонаж фільму - майор Дев'ятого відділу Кусанаґі Мотоко - кіборг з людським розумом усередині кібернетичного тіла. Основне завдання відділу - спіймати оголошеного в міжнародний розшук невловимого хакера, який через велику кількість жертв його діяльності та мимовільних посібників злочинів отримав прізвисько "Лялькар". Згодом виявляється, що насправді все не так, як здається на перший погляд...
У фільмі ставиться безліч питань. Що саме робить нас нами? Що таке людська свідомість: безперервний ланцюг електричних імпульсів нервових клітин чи звичайнісінький потік даних, згенерованих невідомим хакером? Де проходить межа між "я" і "не-я", людиною і лялькою, душею та штучним інтелектом, життям та смертю?