Однолітня Війна між Федерацією та Зіоном підходить до свого завершення, знову перемістившись у космос. Амуро Рей починає розуміти та використовувати свої здібності Ньютайпа. На його шляху стає Червона Комета Шар Азнабль та загадкова дівчина Лала Суне́, яка знає відповіді на всі його запитання.
Чи зможе Федерація перемогти Зіон? Чи зможе Шар довести, що він кращий Ньютайп, ніж Амуро? На ці запитання дасть відповідь завершальна частина трилогії...