Дія фільму розгортається в середині XXI століття. П’ятнадцятирічна школярка Мікако Наґаміне, що стала пілотом бойового робота Військово-Космічних Сил Об’єднаних Націй, спілкується зі своїм другом Нобору Тера через електронну пошту з мобільного телефону. Оскільки, на відміну від космічних кораблів земного флоту, здатних подорожувати через гіперпростір, швидкість поширення сигналу обмежена швидкістю світла, їх повідомлення запізнюються все сильніше в міру того, як флот віддаляється від Землі.

Шінджі Ікарі отримує дзвінок від батька з офісу NERV — організації, що воює з таємничим ворогом. Остання надія людства у цій війні — євангеліон. Це людиноподібна зброя, і за велінням долі чомусь саме Шінджі, замкненому юнакові, що страждає психологічними проблемами, судилось стати його пілотом…