Ньюпорт, 2027 рік. Війна завершилася рік тому, але в місті знову лунають звуки вибуху самоходних мін. Тоді ж невідомі особи вбивають підполковника Мамуро, якого було підозрювано у хабарництві та незаконній торгівлі зброєю. В ході розслідування Дайске Арамакі з дев’ятого відділу Служби державної безпеки зустрічає кіборга і вправного хакера Мотоко Кусанаґі. Бато, співробітник Арамакі, припускає, що саме Кусанаґі відповідальна за теракти. За нею ведуть ретельне спостереження голова 501-го підрозділу Куруцу та агенти-кіборги.