Після завершення Світової війни в Японії наука зробила великий крок в розвитку кібернетики та штучних тіл. Все людство пов’язане за допомогою системи віртуальних особистостей під назвою «дух». Однією з найбільших загроз безпеці держави є кібертерористи, які можуть викрасти людські тіла та пам’ять.

Коли вірус під назвою «Підпалювач» заражає систему та починає розповсюджуватися, невідомий кіборг вбиває прем’єр-міністра Японії. Майору Мотоко Кусанаґі та її елітній команді спеціального призначення доручають знайти джерело зараження.