Майбутнє. На дворі 2034-тий. Минуло два роки, відтоді як Мотоко Кусанаґі більш не у 9-му Відділі. Тоґуса отримав підвищення до тактичного лідера групи. Загальний штат працівників теж значно виріс.

Але навіть посилена «Дев’ятка» не в змозі протистояти викликам нового часу: загадкові злочини, хакери найвищого класу «супер-чарівник», гастролери з закордоння, терористи, снайпери, зіпсовані політики, викрадення та самогубства людей, навіть Фатомас майбутнього «Ляльковод» — все вибудовується у загадкову низку подій, поки Майор десь запропастилася, а бідний Бато ледь не заливається оковитою від горя…

Що чекає на 9-тий Відділ, ба навіть — на усю країну: Зрада чи Перемога?