Батько Соске - моряк, мати - соціальний працівник, а сам він - маленький хлопчик з дому на кручі. Одного ранку він знаходить у морі дивовижну рибку: у неї людське обличчя і червоні плавники, вона любить ковбасу і вміє чаклувати. Соске називає свою знахідку «Поньо» і вирішує берегти і захищати. Звідки йому знати, що він виловив дочку морської володарки і тим прирік себе на дивовижні пригоди у найближчому майбутньому? ..

Під час боротьби з ошалілим боговепром, захищаючи своє село, юнак Ашітака внаслідок контакту з ним був проклятий. Через це він змушений був покинути домівку і у пошуках долі потрапляє в ліс, населений боготваринами, та селище людей біля нього. Там юнак потрапляє в центр подій - війни між лісовими духами й людьми на чолі з харизматичною жінкою Ебоші.

Аніме оповідає про пригоди дівчинки Сіти, чиє справжнє ім'я Люсіта Тоель Ур Лапута і хлопчика Пазу. Сіта є нащадком стародавнього монархічного роду, але живе як звичайна дівчинка. Однак коли їм доводиться рятуватися від піратів та військових Сіте доводиться згадати своє минуле. Як виявляється Сіта і Пазу, пірати, військові і далекий родич Сіти прагнуть знайти стародавній літаючий замок Лапута. Але тільки Сіта має чарівну медальйонім, який вказує потрібний напрямок.