Він - 15 річний школяр. Вона - 27 річна жінка. Вони випадково зустрічаються в альтанці, під час дощу. Але ця зустріч назавжди змінила їх.

Фільм є продовженням телеаніме «Судзумія Харухі», з сюжетом якого тісно пов'язаний. За сюжетом «Зникнення», Кьон — член неофіційного шкільного гуртка «Команда SOS», організованого Харухі, — в один грудневий день виявляє, що світ за ніч повністю змінився: зокрема, гуртка більше не існує, і інші учасники його не впізнають.

Ця історія розповідає нам про дівчинку на ім'я Хотару, яка заблукала у чарівному лісі, де живуть привиди. Там, на грані між сном та реальністю, перед Хотару раптово з'являється таємничий хлопчина на ім'я Гін. Але дівчинка навіть не торкається до нього, боячись того, що він зникне назавжди.

Шінджі Ікарі отримує дзвінок від батька з офісу NERV — організації, що воює з таємничим ворогом. Остання надія людства у цій війні — євангеліон. Це людиноподібна зброя, і за велінням долі чомусь саме Шінджі, замкненому юнакові, що страждає психологічними проблемами, судилось стати його пілотом…