Фільм є продовженням телеаніме «Судзумія Харухі», з сюжетом якого тісно пов'язаний. За сюжетом «Зникнення», Кьон — член неофіційного шкільного гуртка «Команда SOS», організованого Харухі, — в один грудневий день виявляє, що світ за ніч повністю змінився: зокрема, гуртка більше не існує, і інші учасники його не впізнають.