У недалекому майбутньому раптовий і незрозумілий підйом рівня моря залишив більшу частину людської цивілізації під водою. Ікаруга Нацукі, хлопець, який кілька років тому втратив матір і ногу внаслідок нещасного випадку, повертається розчарованим із суворого життя у великому місті і знаходить свій старий сільський будинок, наполовину поглинутий морем. Залишившись без сім'ї, він має лише корабель і підводний човен, які залишила йому у спадок бабуся-океанолог, та її борги.

Школи міста академій поділені на власні райони і вважаються автономними. Генеральна учнівська рада діє як керівний орган для управління академіями в цілому. Однак її здатність до управління різко знизилася після таємничого зникнення президента Генеральної Учнівської ради. Незліченні проблеми почали виникати в Ківотосі за відсутності президента. Щоб уникнути катастрофи, Генеральна студентська рада просить допомоги Центрального Відділу Розслідувань, також відомого як Шале. Насправді Шале є найновішим клубом міста і останнім, який був затверджений перед зникненням президента. Щоб виконати своє завдання, Шале покладається на керівництво "Вчителя", який має допомогти їм вирішити проблеми у Ківотосі.

Коноха Акісато - ілюстраторка, яка любить красивих дівчат та романтичні ігри. Вона працює у студії відеоігор і прагне стати супервідомою ілюстраторкою. Однак реальність склалася не так, як вона сподівалася. У сьогоденні, коли мобільні ігри - в моді, Коноха працювала суб-ілюстратором, розфарбовуючи спини фонових персонажів. Одного разу, після деяких подій, Коноха отримала в подарунок від власника ігрової крамниці романтичну гру. Згадуючи золотий вік ігор, Коноха відкрила коробку "Dokyusei" і раптом її огорнуло сліпуче світло, яке перенесло її в минуле!