Продовження третього сезону.

Відлюдькуватий старшокласник отримує підробіток на все життя в якості сучасного нінджя, якому доручають виконувати міжнародні замовлення. Після Другої світової війни союзницьке командування в Японії створило нове агентство для боротьби з тероризмом і насильством у Тихоокеанському регіоні. Агентство було укомплектоване нінджя, і спочатку їм було доручено займатися внутрішніми справами. Згодом воно виросло до нинішньої форми, в якій працює 200 000 нінджя, які займаються різними внутрішніми і міжнародними справами. Одним з цих нінджя є Кудо.