Дія відбувається на американській військовій авіабазі Йокота в післявоєнній Японії, за кілька місяців до початку В'єтнамської війни. Головна героїня - дівчина на ім'я Сая, яка працює на секретне агентство уряду Сполучених Штатів, знищуючи демонів-вампірів за допомогою катани. Агенту Девіду стає відомо про демонів, які осіли в районі авіабази, і він впроваджує Саю в школу для дітей працівників бази під виглядом нової учениці із завданням знайти і знищити демонів.

Затоплений світ – людство, покаране за своє нерозумне ставлення до природних ресурсів. Але екологічна тема тут відіграє скоріше другорядну роль. І тема про хоробрих підводників, що захищають свій світ від підступних мутантів також не головна. Блакитна №6 – це в першу чергу аніме про ненависть і прощення, про руйнівне начало як про невід'ємну рису усіх людей, але й про вміння відмовитися від помсти і побачити у заклятому ворогові не чудовисько, а таку саму людину.