Затоплений світ – людство, покаране за своє нерозумне ставлення до природних ресурсів. Але екологічна тема тут відіграє скоріше другорядну роль. І тема про хоробрих підводників, що захищають свій світ від підступних мутантів також не головна. Блакитна №6 – це в першу чергу аніме про ненависть і прощення, про руйнівне начало як про невід'ємну рису усіх людей, але й про вміння відмовитися від помсти і побачити у заклятому ворогові не чудовисько, а таку саму людину.