Ньюпорт, 2027 рік. Війна завершилася рік тому, але в місті знову лунають звуки вибуху самоходних мін. Тоді ж невідомі особи вбивають підполковника Мамуро, якого було підозрювано у хабарництві та незаконній торгівлі зброєю. В ході розслідування Дайске Арамакі з дев’ятого відділу Служби державної безпеки зустрічає кіборга і вправного хакера Мотоко Кусанаґі. Бато, співробітник Арамакі, припускає, що саме Кусанаґі відповідальна за теракти. За нею ведуть ретельне спостереження голова 501-го підрозділу Куруцу та агенти-кіборги. Увага! Додано дві останні серії (9 і 10) ТБ серіалу який зроблений з OVA 2013 року, які мають пов'язати OVA з фільмом Дух в оболонці 2015 року.

Події відбуваються через півтора роки після подій першого сезону. Суспільство під керівництвом Сивіли сколихнула низка терактів, вчинених невідомим підривником. Цунеморі та її команді доручено розслідувати цю справу.

У 2112 році стало можливим визначити психічний стан будь-якої людини та ймовірність скоєння нею злочинів. Якщо коефіцієнт злочинності виявляється занадто високим, особа повинна пройти лікування, або ж підлягає знищенню. Виконанням цієї задачі займаються спеціальні команди з Бюро Державної Безпеки, до складу яких входять потенційні злочинці (так звані "Карателі") та слідчі поліції, які здійснюють нагляд над своїми підлеглими. Члени кожної команди отримують особливу зброю - Домінатор, який здатний стріляти лише по тим, чий коефіцієнт злочинності перевищує допустиму норму. Ідеальне суспільство живе в майже повній безпеці, доки не з'являються люди, здатні обійти систему.

Моторошний світ майбутнього. Земний простір займає велетенська багаторівнева Мегаструктура, керування над якою здійснює потужний комп’ютер. Мережа – невід’ємна частина повсякденного життя людей, Мережева сфера – нова операційна система управління – нова реальність. Але, незважаючи на стрімкий розвиток науки і створення нових технологій, людська природа залишається незмінною…

У майбутньому межа між цифровим і фізичним світами помітно стерлася, кібертроніка змінила життя людства до невпізнанності, створивши новий синтетичний рівень існування й звівши людей у єдину Мережу. Однак зближення живих організмів і машин виявилося обтяжене найнебезпечнішими наслідками, надавши зловмисникам небачені досі можливості маніпулювання людською свідомістю. Для запобігання подібним технозлочинам і був створений Дев'ятий Відділ. Цей елітний підрозділ поліції сканує як фізичний, так і кібернетичний світи для виявлення шкідливої діяльності хакерів, кібер-терористів і машин, що сказилися. У випадку необхідності затримання злочинців вирушає оперативна група професіоналів, кожен зі членів якої має особливі якості. Бато, людина, начинена електронікою, має сталеві очі й потужні біцепси з титаніуму. Детектив Тогуса, людина без будь-яких кібер-додатків, збагачує команду своєю...

Нескінченна ніч. Сліди таємничої катастрофи, що змінила світ. Мільйони людей у підземних комплексах "штучного сну та підтримки життя". Самотня дівчина, яка не пам'ятає власного імені, під'єднана дротами до механізму в самому серці загадкової гігантської будівлі.