Порушивши головну заборону Алхімії і спробувавши воскресити маму, талановиті брати Елрікі заплатили високу ціну: молодший, Альфонс, втратив тіло, і тепер його душа прикріплена до сталевих обладунків, а старший, Едвард, позбувся руки і ноги, тому йому доводиться користуватися протезами - автобронею. Завдяки виявленим здібностям Ед отримав звання державного алхіміка і, таким чином, став частиною військової машини держави. Тепер у нього є шанс повернути Алу колишнє тіло. Попереду мандри і пригоди, розгадки страшних таємниць і нескінченні битви...
У порівнянні з першою екранізацією, в оновленому «Сталевому алхіміку» дизайн персонажів став більш «дорослим». У цілому це більш динамічний твір. З першої ж серії героїв кидає у вир подій: різанина в Іштварі, боротьба відступників з Армією і фюрером Бредлі, гомункули і численні «натяки» на подальший розвиток історії.