Брати Альфонсо та Едвард Елріки — діти, що живуть в невеликому містечку Райсембул. Їхній батько Світлий Хаенхайм — один з найталановитіших алхіміків — покинув їх, коли вони ще були дуже малі. Згодом від невиліковної хвороби помирає їхня мати. Випадково вони зустрічають відомого алхіміка Куртіс Ідзумі, яка погоджується стати їх вчителем алхімії.
Після закінчення навчання вони повертаються назад та порушують найбільше табу в алхімії — намагаються воскресити свою померлу матір. Це призводить до того, що Едвард втрачає свої руку та ногу, а Альфонсо все своє тіло.
Згодом Едвард Елрік, як найталановитіший з братів, вступає до армії та стає наймолодшим Державним алхіміком. Відтоді брати подорожують, щоб знайти філософський камінь, який, як вони вірять, зможе повернути їхні тіла. Але ситуація ускладнюється тим, що філософський камінь шукають не тільки вони, але і Гомункули — група людиноподібних істот, які несуть в собі частки Філософського каменя, які дозволяють їм зцілятися від практично будь-якої нанесеної рани.
Згодом виявляється, що гомункулами керує талановитий алхімік Данте, яка бажає за допомогою філософського каменя знайти безсмерття...