У 2045 році після економічної катастрофи, відомої як Синхронний Глобальний Дефолт, стрімкий розвиток в галузі ШІ призвів світ до стану «Затяжної війни». Однак громадськість не в курсі загрози, яку несе ШІ людству.
Кіборг майор Мотоко Кусанаґі і її помічник Бато – колишні члени Дев’ятого відділу Бюро громадської безпеки, які зараз працюють найманцями і подорожують спекотним спустошеним американським західним узбережжям. У майора та її команди повно можливостей, вони використовують свої посилені кібер-мізки і бойові навички, отримані з часів роботи у Дев'ятому відділі. Утім усе ускладнюється з появою «постлюдей», які володіють надзвичайним інтелектом і фізичними силам. Дев'ятий відділ знову збирається разом, аби протистояти новій загрозі.