Глибоко у віддаленій місцевості регіону Джото є місце з кришталево чистими водами, непролазними горами... та таємницею. М’юту та його клоновані покемони нарешті знайшли собі домівку, у якій можуть жити і процвітати, подалі від допитливих очей та суворих суджень людей.
У фільмі "Покемон: Фільм Перший" М'юту видалив усі можливі сліди його битви із М'ю, клонів та навіть його існування! Все це було стерто із пам'яті кожного, окрім Джованні, злої сили, що стоїть за створенням М'юту.
Тепер хитрий лідер команди Ракета знайшов сховище М'юту. І одночасно з цим, туди потрапляють Еш, Пікачу та їх друзі. Невдовзі Джованні стикається із М'юту, кидаючи страшний виклик: підкоритися його людській владі, або ж вистояти, жертвуючи поке-клонами. Результат битви здається вирішеним, але приголомшливі
ефекти їх унікального середовища вступають у силу... віддаючи долю М'юту в руки Еша!