Велетенський корабель «Сідонія» блукає у космосі в пошуках нового дому для людства. Від монстрів під назвою ґауна корабель охороняють пілоти Хранителів, які зазнають великих втрат та повільно програють війну. Танікадзе Наґате, колишній курсант, тепер в числі найкращих пілотів «Сідонії». Після того, як ледве вдалося уникнути зіткнення з астероїдом, керованим ґаунами, «Сідонія» бере курс на дев’яту планету системи Лем з метою знищити скупчення ґаун.

Події візуальної новели, за якою зняте аніме, розгортаються навколо Шьотаро Татевакі та Сакурако Куджьо. Шьотаро - звичайний учень старшої школи, серйозний та зібраний, втім любить похизуватися перед своєю подругою Сакурако за першої ж можливості. Сакурако - гарна жінка за 20 з багатої родини, яка полюбляє 'красномовні кістки'. Вони живуть у місті Асахікава та Хоккайдо і потрапляють у різні інциденти пов'язані з кістками.

В різних куточках Японії раптово почали з'являтися небачені раніше потвори. Не зрозуміло ні звідки вони з'явилися, ні що ними керує. В ситуації, коли люди стали безпорадними іграшками в руках темряви, професор Бамба Соуске намагається дізнатися правду про цих створінь.

Кумаґай Ері - відлюдькувата дівчина, яка не особливо любить виходити з дому - одного разу зустрічає загадкову, але вельми енергійну переведену ученицю Хару Чітосе. Ері дуже любить співати, а Хару дуже подобається її спів. Стрічка розповідає історію двох дівчат під час їхнього навчання в старшій школі в літній сезон, про їхні злети та падіння.

В майбутньому завдяки передовим медичним нанотехнологіям та потужним системам соціального забезпечення та обліку нарешті була досягнута утопія. Проте, світом прокочується хвиля самогубств. Більшість випадків не просто жорстокі, а неможливі: вживлені в тіла імплантанти попереджають про небезпеку, і певної причини, з якої люди могли б накласти на себе руки, немає. Люди захотіли змінити світ на краще – вони змінили його. І, як це часто виходить, – спотворили його. Та навіть за штучно створений рай доводиться рано чи пізно розплачуватися дуже дорогою ціною. Історія побудована навколо тонкої грані нашої самосвідомості, нашого вибору, який ми робимо кожного дня – між добром та злом. Але як зрозуміти, де саме проходить ця грань? Якщо добро дуже легко прийняти за зло і навпаки?

Квенсер прибуває до військової бази на Алясці, навчатися вправлятися з Об'єктами, новою зброєю, яка повністю змінює поняття про війну, перетворюючи її на битви солдат, які керують Об'єктами подалі від людей. Однак, щойно від починає зближуватися з пілотом Об'єкта Міліндою, йому починає відкриватися страшна правда, яка стоїть за цими Важкими Об'єктами.

820 років тому, Музака, повелитель перевертнів, після довгої подорожі нарешті навідує Райзеля. Проте перевертень Мадуке втручається у війну людей. Утративши дочку Музака божеволіє, і Райзель, щоби зупинити його вступає з Музакою у двобій залишивши дружбу позаду.

На острів, на якому живуть двоє друзів, Адзума і Сайджьо, насувається потужний тайфун. Оголошено штормове попередження і дітей, що готуються до фестивалю залишають у школі під наглядом вчителів. Та, несподівано, на вежі електромережі Адзума помічає червонооку дівчинку, яка виявляється інопланетянкою.

У гонитві за мрією стати барабанщицею Акі Міяґава переїхала в Токіо, де з'ясувалося, що поєднувати жорсткий режим тренувань і підробітку не так-то й легко. Через 15 років вона повертається на батьківщину, щоб підготувати нове покоління до фестивалю барабанів.

На дворі далекий 2071 рік. Місце проживання "шалених" богів. Починаючи з 2050-их невідомі форми життя "клітини оракула" винищували земне життя. Проте на кожну силу є протидія. Було винайдено "божественні дуги" - живу зброю, яка єдина може протистояти ворогу. У світі, в якому панують шалені боги, ці поглиначі богів ведуть зневірену війну.

Другокласник старшої школи Акіхіто Камбара – наполовину людина, наполовину невразливий демон-йому. Одного разу він зустрічає на даху школи новеньку дівчину Куріяму Мірай, яка намагається покінчити життя самогубством, стрибнувши з даху школи. До цього призвело неприйняття суспільством її незвичайних здібностей… P.S. Це компіляція першого сезону, зробленого під фільм.