Історія певного магічного Індексу продовжується, а це означає, що в Каміджьо Томи знову буде ціла купа проблем. Після нападу на Академмістечку в усьому світі панує неспокій, напруга між магічною та науковою стороною зростає, сутичок між ними стає все більше. Зрештою Академмістечко вирішило оголосити війну католицькій церкві, а значить, у війну буде втягнуто ввесь світ. Тома опиняється в епіцентрі всіх інтриг та, зрештою, війни, і знову змушений захищати своїх друзів.

Роки політичного напруження та недовіри між двома країнами-конкурентами Зафраном і Ревілією загострилися. Країни опинилися на межі війни. Кожна країна знайшла рішення: отримати владу над Дециматорами, стародавніми бойовими роботами, які ледь не знищили все життя на планеті за 200 років до цих подій. Після початку війни лідери обох націй не бажають здаватися, і лише завдяки відчайдушному плану Ліна, молодого кадета, та Натаруми, психічно обдарованої дівчини, змінити хронологію подій, що відбулися 200 років тому, людство має шанс на виживання.

Група випускників університет військово-космічного флоту разом з офіцерами-інструкторами відправляється у тренувальний політ на кораблі планетарної системи Кібі — «Аматерасу». Однак при поверненні на них очікує неприємний сюрприз: рідну планету атакував Планетарний альянс сектору Генрієтта і влада капітулювала. Утім команда голосує за продовження бойових дій проти загарбників.

Злощасне життя обдарованого псионіка Кусуо Сайкі продовжується, попри всі його зусилля жити як нормальний підліток. Хоч Сайкі і звик до приколів своїх друзів, шлях до спокійного повсякденного життя прикрасять нові обличчя, що стануть ще одною перешкодою до мети псионіка.

Безстрашний авантюрист Белл Крейнел піднявся на новий рівень, але поки що не може спочивати на лаврах підземелля. Родині Гестії ще належить пройти довгий шлях, перш ніж вона зможе протистояти іншим родинам Ораріо, але перш ніж Белл зможе вирушити на свою наступну місію, повідомлення про жорстоке вбивство сколихнули спільноту пригод! Одного з надійних союзників Белла звинувачують у жахливому злочині, і Беллу та його друзям належить очистити своє ім’я та розкрити мерзенну змову, яка прихована в темних глибинах підземелля.

Четверо друзів дитинства навчаються на другому курсі старшої школи Хомаре. Добрий і радісний Шюн Мацуока, гарячкуватий Канаме Тацухара, і близнята Асаба: приязний Юта та ледачий Юкі. Коли до їх групи доєднується енергійний переведений учень, Чідзуру Тачібана, хлопці встрягають в його творчі, але й клопітні плани, що приносять хвилювання в їхнє щоденне життя. З новими зустрічами та досвідом, вони дізнаються все більше про один одного та про себе самих.

У Академмістечку, світовій святині науки, от-от станеться справжнє диво: відкриється космічний ліфт Ендіміон. У цей час старшокласник Каміджьо Тома та його подруга Індекс знаходять нову подругу, Алісу Мейґо, життєрадісну та натхненну співачку. Дуже скоро вони виявляють, що між Алісою та Ендіміоном існує дивний зв'язок… А коли в місті з'являється їхній знайомий маг Стейл Маґнус, усе стає ще більш заплутано…

У цій частині ми знову повертаємося до історії життя Місаки Мікото та її подруг. Місака Мікото, одна з десяти найсильніших есперів Академмістечка, еспер п'ятого рівня, дізнається про страшні експерименти, внаслідок яких гинуть тисячі есперів. І не просто есперів, а її власних клонів, на створення яких вона несвідомо погодилася ще багато років тому. Обтяжена почуттям провини, Місака починає боротися проти нелюдських експериментів і дуже скоро через це накликає на себе гнів найгрізніших та найтаємніших сил свого ж міста.

У далекому світі жив один мудрець, який досяг успіху у своєму розвитку, прозвали його найсильнішим. Для того, щоб стати найсильнішим, він присвятив усе своє життя вивченню всіх магічних та бойових мистецтв. Але в процесі розвитку він дійшов дуже жорстокого висновку: "Моє тіло не підходить для магічного бою". Проте він не здався. Він запечатав свою власну душу забороненим мистецтвом та відродився у далекому майбутньому. «Якого біса? Магія цього світу так відстає від минулого!»

Втрачені— мандрівники, які потрапляють сюди з далекого світу, відомого як «Японія». Ніхто не знає, як і чому вони залишають свої домівки. Єдине, що можна сказати напевно, це те, що вони приносять лихо і лихо. Обов’язок знищити їх без докорів сумління покладається на Мену, молодого Ката. Коли вона зустрічає Акарі, це здається просто іншою роботою... поки вона не дізнається, що цю дівчину неможливо вбити! І коли Мена починає шукати спосіб перемогти це безсмертя, Акарі з радістю йде разом знею! Так починається подорож, яка назавжди змінить Мену...

Кусуо Сайкі обдарований широким асортиментом надприродних здібностей, починаючи від телепатії і закінчуючи рентгенівським зором, та він вважає це так зване благословення нічим іншим, як прокляттям. Оскільки всі незручності, які завдають його сили, постійно накопичуються, все, чого прагне Кусуо - це звичайнісіньке і спокійне життя. На жаль, життя екстрасенса далеко неспокійне. Хоч Сайкі й намагається залишатися осторонь, тримаючи свої сили в таємниці від однокласників, у результаті, ненароком привертає увагу багатьох диваків. Змушений боротися з божевіллям оточуючих, Кусуо розуміє, що звичайного життя, до якого він прагне, досягти набагато складніше, ніж очікувалося.