Історія певного магічного Індексу продовжується, а це означає, що в Каміджьо Томи знову буде ціла купа проблем. Після нападу на Академмістечку в усьому світі панує неспокій, напруга між магічною та науковою стороною зростає, сутичок між ними стає все більше. Зрештою Академмістечко вирішило оголосити війну католицькій церкві, а значить, у війну буде втягнуто ввесь світ. Тома опиняється в епіцентрі всіх інтриг та, зрештою, війни, і знову змушений захищати своїх друзів.