Відвідуючи Національну бібліотеку, учениці молодших класів Міака Юкі та Юі Хонґо переносяться у світ таємничої книги, дія якої відбувається у стародавньому Китаї, «Всесвіт чотирьох богів». Міака несподівано виявляється жрицею Судзаку і повинна знайти всіх своїх небесних воїнів, щоб викликати Судзаку для виконання трьох бажань.

У Зовнішньому Світі лише декілька людей знають про таємне царство під назвою Генсокьо. Двоє з цих осіб — Марібель Гірн та Ренко Усамі — єдині члени Клубу Таємних Запечатань. Разом вони присвячують себе вивченню Генсокьо, починаючи від Генсо-Місячної війни тисячі років тому і закінчуючи історією святилища Морія. Чи то світська розмова, глибокі обговорення, чи відстеження людей, які можуть мати зв'язок з цією містичною землею, навіть небо не може обмежити їхню зростаючу цікавість.

Маріса підозрює, що якийсь йокай спричинив зимову погоду посеред весни. Проводячи власне розслідування вона потрапляє у підземний світ, де зустрічається з винуватцем змін погоди. Чи допоможе їй у боротьбі з йокаєм її подруга Рейму? Чи зуміє вона здолати підступного ворога? Чи виправлять вони погоду?

До свого чотирнадцятого дня народження Дайске Ніва був звичайним підлітком. Він намагався зізнатися у коханні дівчині його мрій, але зазнав невдачі. Після цього щоразу, коли він думає про цю дівчинку, він перетворюється на легендарного фантомного злодія, відомого як Дарк. Мати Дайске, яка багато знає про ці перетворення, змушує його перетворюватися на Дарка і красти цінні твори мистецтва. З часом Ніва дізнається, чому його сім'я вже багато поколінь краде цінні твори мистецтва і який стосунок до цього має його однокласник Сатоші Хіватарі.

Ґенсокьо — «Країна Фантазія» — світ, що з давніх давен існує поруч з нашим, відокремлений містичним кордоном. Утопія, в якій люди й інші створіння, такі як феї, йокаї та боги живуть разом у мирі. Кожного літа у храмі Рейму Хакурей, жриці, що охороняє кордони Ґенсокьо, відбувається грандіозне свято, і храм заповнюється жителями усього Ґенсокьо. І ось знову літо наближається до Ґенсокьо…