Юний Джюн Сакурада зовсім відбився від рук - в той час, як батьки працюють за кордоном, він закинув школу, не звертаючи уваги на протести турботливої старшої сестри Норі. Цілими днями Джюн сидить біля комп'ютера і розважається тим, що замовляє через інтернет різні предмети, пов'язані з магією та чарами. Одного разу серед маси поштових посилок він знаходить бандероль з привабливою пропозицією, умови якої приймає, не вникаючи, і одразу відкриває посилку - чорний чемоданчик із золотою трояндою на кришці. Всередині Джюн знаходить велику гарну ляльку в старовинному вбранні XIX століття. Не думаючи, він заводить її доданим золотим ключиком, і та оживає! Підписані зобов'язання приводяться в дію, і хлопцеві нічого більше не залишається, як стати слугою-медіумом мініатюрної красуні, скріпивши договір поцілунком її персня із золотою трояндочкою. Так в життя Джюн Сакуради входить панянка Шінку, а...

В альтернативному світі почався новий льодовиковий період, і навіть сонячну Тоскану запорошило снігом. Але не це головна проблема трьох сестер Феррарі, яких одного чудового дня спробували викрасти. Старша сестра Хазукі, помірно питуща 20-річна студентка юрфаку, і сама не зрозуміла, як виплуталася; середня, 17-річна Казукі, спокійна і відлюдькувата спортсменка, просто врізала нападнику «з ноги», ну а молодша, 13-річна Хозукі, примудрилася розібратися з бойовим роботом, правда, дрібним. На жаль, викрадачі з'явилися знову і цього разу висловили японо-італійському тріо, що шукають якийсь «скарб Галілея», про який сестри зобов'язані знати - все-таки прямі нащадки великого вченого! Чутки про спадщину «батька науки» стривожили корпорацію «Аднімун», монополіста світової енергетики. Великі боси твердо вирішили прояснити питання: сестер-утікачок оголосили злочинницями і кинули проти них поліцію...

Летить душа крізь хмари. Уві сні чи в спогадах, летить чи падає. А там, де тріскається величезний кокон - з'являються стіни, яких не можна торкатися. У місті поряд зі звичайними людьми живуть крилаті створіння, що шукають свій шлях у житті. Їхні крила - ні білі, ні чорні - сірі. Ні грішники, ні праведники. Ні в пекло, ні в рай. Ще можна відчистити. А можна й забруднити. Сірокрилі самі повинні вирішувати, хто вони і навіщо їм жити. І в своєму світі вони мають зосередитись на повсякденних справах, стати опорою для тих, хто потребує співчуття та підтримки, позбавитись страхів та зрозуміти себе, щоб врешті-решт отримати можливість зазирнути за стіну. Основні теми аніме - життя та смерть, добро та зло, гріх та спокута, ставлення до себе, інших людей та світу. Численні символи, якими сповнений серіал, дають змогу кожному глядачу знайти власне тлумачення.

"Євангеліон у Школі" це пародія на "Євангеліон Нового Покоління", в якій всі персонажі оригінального серіалу стають учнями середньої школи в Токіо-3. Серіал представляє три "Сестри Рей": перша Рей молодша, ніж інші учасники, друга схожа на ту Рей яку глядачі бачили в оригінальному серіалі і образ третьої Рей базується на активній і незвичній "Альтернативній Рей" зі снів в останній серії оригінального серіалу. Більш того, EVA-01 робот також відвідує цю школу, але виглядає як невеликий робот розміром із зріст людини.