"Євангеліон у Школі" це пародія на "Євангеліон Нового Покоління", в якій всі персонажі оригінального серіалу стають учнями середньої школи в Токіо-3. Серіал представляє три "Сестри Рей": перша Рей молодша, ніж інші учасники, друга схожа на ту Рей яку глядачі бачили в оригінальному серіалі і образ третьої Рей базується на активній і незвичній "Альтернативній Рей" зі снів в останній серії оригінального серіалу. Більш того, EVA-01 робот також відвідує цю школу, але виглядає як невеликий робот розміром із зріст людини.

Надихнувшись аніме під назвою "Луї Монде Третій", Оґуро Мікіко, вона ж "Куромі", йде вчитись азам анімаційного мистецтва, після чого нарешті отримує роботу своїх мрій на студії "Петіт". Прибувши на місце, вона зустрічає діючого виконавчого продюсера. І на її превеликий жаль, його відразу забирає швидка, втім, він таки встигає передати свою посаду Куромі. Таким чином, їй на плечі лягає робота над другим епізодом "Мандрів у Часі", поточного проекту студії. Що ж, їй доведеться добряче попріти, щоб змусити лінивих аніматорів працювати і закінчити епізод до кінця тижня!