Через три роки після повернення легендарного космічного лінкора Ямато Земля почала відновлюватися й уклала мир із колишнім агресором Ґамілас. Однак надприроднє відновлення Землі та її флоту після війни відбувається ціною використання забороненої технології.
Тим часом колишні члени екіпажу Ямато отримують телепатичне послання від таємничої космічної істоти Терези. Вона закликає їх повернутися на їхній корабель та вирушити на далеку планету Телезарт аби протистояти безжальній імперії Ґатлантіс, яка наближається до Землі.
Хоробрий екіпаж, невзмозі відкинути прохання по допомоу та змиритись із мілітаристичним майбутнім Землі, знову збирається й вирушає в чергову небезпечну міжзоряну подорож, яка перевірить їхню відвагу та благородність перед обличчям ще більшого ворога.