У 2199 році Ямато, отримавши систему відновлення Землі, повертається з Іскандеру на рідну планету. Проте на околицях Великої Магеланової Хмари вони зустрічаються з новою інопланетною расою Ґатлантіс. Їхній ватажок Ґоран Даґум вимагає команду Ямато здатися та віддати їм легендарний та могутній корабель.
Не маючи змогу протистояти великому ворожому флоту з руйнівною зброєю, Ямато здійснює космічний стрибок і опиняється в загубленому світі. Розвідкоманда з Кодаєм, Кірю, Савамурою, Ніїмі та Айхарою вирушають до загадкової планети і знаходять там корабель, який ніколи не мав би бути там...