У 2199 році Земля із залишками людської цивілізації стоїть за крок до знищення. Через невпинні бомбардування нашої планети інопланетною расою Ґамілас, вона стала непридатною до наземних форм життя. У відчаї люди Землі сховались у підзмені міста і створили Космічний флот для оборони від потужної імперії прибульців. Проте людство знаходить проблиск надії після отримання повідомлення від таємничої планети Іскандер, яка пропонує їм пристрій, що поверне Землю до колишнього стану. З новою надією, люди відроджують легендарний лінкор Ямато, щоб здійснити подорож на 148 000 світлових років до Іскандера й отримати їхню допомогу. 
Головні герої, під командуванням безстрашного капітана Юузу Окіта, Сусуму Кодай та Дайсуке Шіма, відправляться у недосліджений космос, де їх чекатимуть ворожі кораблі та інші небезпеки, які вони мають пережити на борту Ямато і виконати свою місію: зберегти людство перш ніж буде занадто пізно.