У 0071 році космічної ери космічна колонія Геліополіс займає позицію нейтралітету у великій війні, що вирує в галактиці між Координаторами, людьми, чиї біологічні риси були змінені ще до народження, та Натуралами, незмінними людьми, які залишаються на планеті Земля. Глибока ненависть Натуралів до Координаторів загнала розвинених істот у космос, де вони шукають притулку в рукотворних колоніях.

Кіра Ямато — координатор і студент університету на Геліополісі,. Його життя занурюється в хаос, оскільки ЗАФТ, військова організація, що складається з бунтівних Координаторів, атакує колонію, намагаючись викрасти набір із п’яти найсучасніших військових мобільних пристроїв. мобільної броні, відомої як Ґандами.

Поки ЗАФТу вдається втекти з чотирма одиницями мобільної броні, Кіра бере під контроль останній Гандам, Страйк. Переживши битву, Кіра та його друзі по вишу приєднуються до екіпажу корабля «Архангел», який ходить під прапором Альянсу Землі, і молоді солдати поринають у жахи війни та переживають пов’язані з нею втрати.