Третій і останній фільм з трилогії. На відміну від двох інших фільмів, не є переказом подій серіала. Після того, як Мадока перебудувала всесвіт, Хомура живе в світі, де відьми більше не народжуються. Але відчай людей все ще проявляється в істот, відомих як примари, з якими і б'ються дівчинки-чарівниці. Хомура продовжує боротися зі своєю самотністю після розставання з Мадока. У фільмі також з'являється нова чарівниця по імені Нагіса Момое.