У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шінобі в ранзі чюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя Конохи. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Джіраї, поступово сходячи на новий щабель бойової майстерності. Сакура висунулася в помічниці та довіреної особи цілительки Цунаде - нового вождя Селища Листя. Ну а Саске, чия гординя призвела до вигнання з Конохи, приєднався до тимчасового союзу зі зловісним Орочімару, причому кожен вважає, що лише використовує іншого до певного часу.