Події відбуваються в 2710 році і місті Нара, куди було перенесено столицю держави. Для збереження історичних пам'яток і туризму культурні скарби країни — включаючи і шедеври архітектури — були зібрані під одним дахом. Учень другого класу вищої школи на ім'я Шінічі приїздить на екскурсію до цього міста. Незабаром Шінічі зустрічає вродливу дівчинку на ім'я Тото. Через усілякі дивні обтавини ці двої побували у всіх визначніх місцях Нари за один екскурсійний день.

Такаші Нацуме бачить те, чого не помічають звичайні люди: привидів, богів та демонів. І ця здатність геть не полегшує життя юнакові. З самого дитинства Нацуме був "не такий, як усі": «розповідав нісенітниці», «лякався на пустому місці»... Подорослішавши, він навчився нічого нікому не розповідати і не лякатися (принаймні при оточуючих), але таким, як усі, він все одно не став.

Дія фільму розгортається в середині XXI століття. П’ятнадцятирічна школярка Мікако Наґаміне, що стала пілотом бойового робота Військово-Космічних Сил Об’єднаних Націй, спілкується зі своїм другом Нобору Тера через електронну пошту з мобільного телефону. Оскільки, на відміну від космічних кораблів земного флоту, здатних подорожувати через гіперпростір, швидкість поширення сигналу обмежена швидкістю світла, їх повідомлення запізнюються все сильніше в міру того, як флот віддаляється від Землі.

15-річний хлопець Аоно Цукуне завалив вступні іспити до старшої школи, куди вже вступили всі його друзі. Пропав би у хлопця цілий рік, але в руки батькові потрапило запрошення до Духовної Академії, куди беруть з будь-якими оцінками. Щасливі батьки негайно зібрали хлопця в дорогу, ахоча варто було спочатку поміркувати. Цукуне зрозумів це, коли автобус виїхав з довгого тунеля в світ, де червоне небо, немає мобільного зв'язку та літають кажани. Втім, наш герой усе забув, коли на нього, в прямому сенсі впала з неба таємнича красуня Мока, блукаюча в пошуках друзів. Навіть факт, що зникнення з пишних грудей нової подруги хрестика, перетворює її на могутнього вампіра, таку собі Принцесу Монстрів, вже не лякає юного Філософа, який вже твердо вирішив - головне не форма, а зміст!