Сюжет розгортається в підземному світі, який пронизують тунелі. Хоч місцеве населення живе в темноті та глухих стінах, одначе тутешні люди примудряються вести тут тихе й навіть спокійне життя. Патема – принцеса свого підземного селища, і більше всього на світі вона любить досліджувати навколишні тунелі. А її найулюбленіше місце - «небезпечна зона», куди заборонено ходити жителям села, хоч ніхто з них точно не знає, чого ж там страшного. Незважаючи на те, що Патема регулярно отримує прочухана за свої вилазки, цікавість продовжує знову і знову гнати її в «небезпечну зону». І в черговий свій похід дівчині доводиться зіткнутися з «несподіваними подіями», які «проллють світло на приховані таємниці»...

Головний герой історїї - хлопчик на ім'я Цубаса, який мріє стати профі у грі Шінкі. Це популярна в Японії гра, для фанатів якої було випущено серію фігурок. І от в один прекрасний день, повертаючись із магазину, юний гравець помітив щось блискуче на гілці дерева. Придивившись він зрозумів, що це фігурка.Звісно, він забрав її додому . Але хто б міг подумати, що вона опиниться живою? Дійсно, мініатюрна дівчинка-робот, пошкоджена в бою. З ким же дралася ця Шінкі і яку участь у цьому прийме Цубаса?

Шінджі Ікарі отримує дзвінок від батька з офісу NERV — організації, що воює з таємничим ворогом. Остання надія людства у цій війні — євангеліон. Це людиноподібна зброя, і за велінням долі чомусь саме Шінджі, замкненому юнакові, що страждає психологічними проблемами, судилось стати його пілотом…

Одного дня Макото мала загинути від нещасного випадку, але раптом виявилось, що у неї є дивовижна здатність переноситись (стрибати) назад у часі і змінювати плин подій. Це рятує її життя і ставить його з ніг на голову. Тепер вона стрибає, як їй заманеться, і змінює все, що їй не подобається. Але чи справді ці зміни на краще?