Одержимий помстою Королю Ігор, Сето Кайба починає розкопки в Єгипті, щоб знайти фрагменти Пазла Тисячоліття, який колись зберігав душу «двійника Юґі». Однак чоловік у плащі викрадає дві частини головоломки і зникає, перш ніж його вдається зібрати. Тим часом Юґі Муто та його друзі, які зараз навчаються в останньому класі, планують своє майбутнє, не підозрюючи про небезпеку, що чатує поблизу. Що чекає на них? Та чим закінчаться пошуки Кайби?