Учень старшої школи Муто Юґі має пристрасть до ігор. Одного дня він отримує від свого діда стародавню реліквію під назвою Головоломка тисячоліття (Sennen (Thousand-Year) Puzzle). Зібравши дану головоломку, Юґі стає одержимим духом давнього фараона. Проте фараон не має спогадів про те, ким він є та як він потрапив у головоломку. Юґі погоджується допомогти повернути фараону його пам'ять та знайти спосіб перейти тому до потойбічного життя, залишивши тіло Юґі зрештою. Протягом розвитку подій сюжету це темне alter ego головного героя захищає його друзів та допомагає у смертельних поєдинках із супротивникам Юґі