У третьому сезоні «Книги друзів Нацуме» йдеться про Такаші Нацуме, хлопця, здатного бачити йокаїв. Нацуме та його охоронець Мадара, відомий як Нянко-сенсей, продовжують звільняти йокаїв від контрактів у «Книзі друзів».
Нацуме приймає свою здатність бачити йокаїв і припиняє думати про неї як про прокляття. Проводячи все більше часу зі своїми друзями серед людей і серед йокаїв, він розуміє, наскільки йому цінні усі вони, і вирішує, що для щастя йому не потрібно обирати між світом людей і аякаші.