Людство майже винищене. Все населення планети не перевищує відмітку в 23 мільйони. Єдиною вцілілою територією лишається Токіо, захищене бар'єром, вийти за межі якого неможливо.
У центрі подій опиняється сімнадцятирічний хлопчина, Аято Каміна. До сих пір його хвилювала лише школа, друзі та спогади про кохану людину. Але після появи Сіто Харуки все перевертається з ніг на голову. Вона обіцяє розповісти правду про цей світ та про синю кров. Але для Аято це лише початок - адже тепер він не звичайна людина, а пілот Раксефона....