Минуло два роки відтоді, як світ вдалося врятувати від повного знищення. Організація Лавина розпалася, а її колишні учасники розійшлися, обравши кожен власний шлях. Тіфа Локхарт знову відкриває бар «Сьоме Небо», прагнучи повернути бодай ілюзію нормального життя, тоді як її друг дитинства Клауд Страйф засновує кур’єрську службу, виконуючи замовлення на мотоциклі. Відірвані від більшості старих побратимів, вони намагаються збудувати спокійний дім разом із двома дітьми — Марлен та Дензел.

Цей крихкий баланс починає руйнуватися, коли світ накриває загадкова й смертельна недуга — Геостигма, а тіні минулого знову наздоганяють Клауда. Відчуження, провина й страх втрати змушують його віддалятися від тих, кого він прагнув захистити. Ситуація загострюється після появи трьох загадкових срібноволосих воїнів, чия присутність невблаганно нагадує про легендарного ворога — Сефірот.