Ітокі Сакураба був звичайним школярем, поки на нього зненацька не напали ніндзя. Він дізнався, що його сім'я є головою клану шінобі Іго. І тепер його черга взяти на себе цю відповідальність. Сім'ї Іга необхідно захиститися від клану-противника — сім'ї Кога, які хочуть вбити наступного голову. Йому залишається лише стати шинобі, щоб зуміти захистити себе і клан.

Тепер Іттокі навчається в академії ніндзя Кокутен. Тут хлопчик дізнається про життя сучасних ніндзя, їх високотехнологічне обладнання та пристрої. Разом з учнями з інших кланів, Іттокі має зіткнутися з Когою і спробувати назавжди покінчити із суперечками.