Сюжет «Яйця Янгола» нелегко передати словами. Це аніме швидше про форму, ніж про зміст, тут віддають перевагу недомовкам, а не прямим одкровенням. У «Яйці янгола» йде розповідь про життя дівчинки в деякому сюрреалістичному світі темряви і тіней.

Дівчинка, ім'я якої глядачеві не називається, береже таємниче яйце. Місце дії — вигадане готичне місто — мертве місто, де вона проводить весь час, збираючи різні судини і артефакти. Одного разу в місто прибуває чоловік, на спині ж він несе зброю у формі хреста. Ім'я чоловіка також залишається загадкою. Герої зустрічають одне одного, і між ними зав'язується розмова, правда, здебільшого вона складається з невпинно повторюваного питання: «Хто ти?»