Події відбуваються в Академмістечку – святині науки, де не лише впроваджують останні наукові досягнення, а й розробляють програми розвитку есперів. Історія зосереджується на Місаці Мікото, учениці елітної середньої школи Токівадай. Вона – еспер п'ятого – найвищого – рівня і третя за силою серед усіх п'ятирівневих есперів у Академмістечку. Вона володіє електричною силою і може стріляти електричною енергією за принципом рейкотрону, за що інші так і назвали її силу.

Так сталося, що Місака стала свідком низки злочинів, і всі вони були пов'язані з таємничим "Левел Аппером" – пристроєм, який, за чутками, може значно збільшити силу будь-якого еспера на кілька рівнів. Ситуація загострюється, і виявляється, що наслідки використання пристрою можуть бути значно грізнішими за просте зростання рівня злочинності, а саме Академмістечко виявляється не мирним навчальним та науковим центром, а похмурим місцем, яке приховує багато таємниць.

Разом зі своїми подругами Місака має протистояти злу, звідки б воно не походило, і проявити не лише рішучість та силу, а й перевірити на міцність свою дружбу.