Академія Сіті – це технологічно розвинене місто, де більшість жителів складають учні, багато з яких мають надздібності. Найсильніші - це люди з п'ятим рівнем, серед них і наша головна героїня – принцеса електромагнетизму із середньої школи, Місака Мікото, відома як «Рейлґан» (Railgun). Вона також має хорошу подругу, яка здатна до телепортації та працює в місцевому органі безпеки «Джаджмент»(Judgement).
Кожного дня з ними трапляються неймовірні пригоди, пов'язані з надздібностями, які все ближче ведуть їх до розкриття страшної таємниці Академія сіті та таємних експериментів, що там проводяться.
"У цьому місті ніколи не буває нудно" - Місака Мікото