Пройшло два роки з тих пір, як команда супербійців під керівництвом Клауда Страйфа врятувала світ від лиходія Сефірота. Настав мир, і могутній Клауд віддалився від справ, оселившись в притулку для сиріт аби серед дітей забути про криваві події минулого.
Але спокій героєві лише сниться: жителів планети починає вражати дивна хвороба-Геостігма, а в околицях з'являється таємничий незнайомець на ім'я Кададж, що явно задумує погане. І його недобрі плани якось пов'язані з беззахисними сиротами.