Третій сезон продовжує основну сюжетну лінію фільму. «Міфріл» робить свою звичайну справу, протидіє терору і екстремізму, допомагає гасити локальні конфлікти. Схоже, Чідорі Канаме вже нічого не загрожує, і командування дедалі більше задається питанням: який сенс тримати біля дівчини Саґару, який потрібний для бойової роботи і випробувань «Арбалеста»? Головні герої тим часом закінчують школу. Саґара вперше замислюється: Що ж він робитиме далі? Яким він хоче бачити своє майбутнє?
У третьому сезоні знову з’являються бойові сцени. Війна показано жорстоко і натуралістичний. Більш не згадується про СРСР і КДБ, війна йде з терористами, зате у «Міфріла» виявляється гідний суперник: організація «Амальгама», одним з керівників якої є, як виявляється, Леонардо Тестаросса — брат Теси.