Це продовження легендарної саги Євангеліон. Світ Євангеліону пережив глобальну катастрофу. 15 років тому все змінилося. Тепер люди змушені боротися за своє існування. Та й до всіх бід таємничі "Янголи" атакують Землю. Щоб здолати цю кризу були створені біотехнологічні роботи серії "Євангеліон". Вони єдина надія людства. Керувати цими роботами здатні лише ті, хто може цілком "синхронізувати" себе з біоістотою. Цими пілотами є Шінджі, Аска і Рей. Вони живуть в штаб-квартирі організації "NERV". В другій частині з'являються два нових персонажа - Шікінамі Аска Ленглі з оригінального серіалу, і нова героїня, Марі Ілластріес Макінамі, якої не було в оригінальному серіалі і яка стала пілотом Єви-05. Між ними виникають не прості відносини, але саме від них залежить доля людства.