Група випускників університет військово-космічного флоту разом з офіцерами-інструкторами відправляється у тренувальний політ на кораблі планетарної системи Кібі — «Аматерасу». Однак при поверненні на них очікує неприємний сюрприз: рідну планету атакував Планетарний альянс сектору Генрієтта і влада капітулювала. Утім команда голосує за продовження бойових дій проти загарбників.

Після кількох років життя у Франції Мао Мідзусава повертається до Японії. Де вона зустрічає друзів дитинства — Коічі Санаде та Казукі Айхарі. Ну і так вийшло, що батьки дівчини залишились за кордоном, а батьки Коічі дозволили Мао пожити з ними. Освоївшись, дівчина вирішує піти до школи разом із друзями — ось тут і починаються любовні історії. Разом з друзями Мао справляється з успіхами та невдачами в коханні.

Історія певного магічного Індексу продовжується, а це означає, що в Каміджьо Томи знову буде ціла купа проблем. Після нападу на Академмістечку в усьому світі панує неспокій, напруга між магічною та науковою стороною зростає, сутичок між ними стає все більше. Зрештою Академмістечко вирішило оголосити війну католицькій церкві, а значить, у війну буде втягнуто ввесь світ. Тома опиняється в епіцентрі всіх інтриг та, зрештою, війни, і знову змушений захищати своїх друзів.

Роки політичного напруження та недовіри між двома країнами-конкурентами Зафраном і Ревілією загострилися. Країни опинилися на межі війни. Кожна країна знайшла рішення: отримати владу над Дециматорами, стародавніми бойовими роботами, які ледь не знищили все життя на планеті за 200 років до цих подій. Після початку війни лідери обох націй не бажають здаватися, і лише завдяки відчайдушному плану Ліна, молодого кадета, та Натаруми, психічно обдарованої дівчини, змінити хронологію подій, що відбулися 200 років тому, людство має шанс на виживання.

Безстрашний авантюрист Белл Крейнел піднявся на новий рівень, але поки що не може спочивати на лаврах підземелля. Родині Гестії ще належить пройти довгий шлях, перш ніж вона зможе протистояти іншим родинам Ораріо, але перш ніж Белл зможе вирушити на свою наступну місію, повідомлення про жорстоке вбивство сколихнули спільноту пригод! Одного з надійних союзників Белла звинувачують у жахливому злочині, і Беллу та його друзям належить очистити своє ім’я та розкрити мерзенну змову, яка прихована в темних глибинах підземелля.

У Академмістечку, світовій святині науки, от-от станеться справжнє диво: відкриється космічний ліфт Ендіміон. У цей час старшокласник Каміджьо Тома та його подруга Індекс знаходять нову подругу, Алісу Мейґо, життєрадісну та натхненну співачку. Дуже скоро вони виявляють, що між Алісою та Ендіміоном існує дивний зв'язок… А коли в місті з'являється їхній знайомий маг Стейл Маґнус, усе стає ще більш заплутано…

У цій частині ми знову повертаємося до історії життя Місаки Мікото та її подруг. Місака Мікото, одна з десяти найсильніших есперів Академмістечка, еспер п'ятого рівня, дізнається про страшні експерименти, внаслідок яких гинуть тисячі есперів. І не просто есперів, а її власних клонів, на створення яких вона несвідомо погодилася ще багато років тому. Обтяжена почуттям провини, Місака починає боротися проти нелюдських експериментів і дуже скоро через це накликає на себе гнів найгрізніших та найтаємніших сил свого ж міста.

Хаґівара Міо — чотирнадцятирічна акторка, яка стала популярною. Одного дня на зйомках вона зустрічає Кумаґу Ічію, який каже, що грає вона погано. Міо вражена його коментарем, але розуміє, що не може викинути хлопця з голови. Ічія — режисер, що подає великі надії. Після успішної зйомки кліпу за участі його подруги Савакі Аї, Ічію просять стати режисером фільму, і він хоче, щоб Міо була головною героїнею, оскільки думає, що вона приваблива, як акторки минулих епох. Як Міо впоратися зі своїми почуттями до Ічії?

Після закінчення навчання, лейтенант Казухіро Учіда потрапляє на авіабазу Комацу, у підрозділ рятувальників. Він хотів стати пілотом винищувача, проте не набрав достатньої кількості балів і тепер змушений літати на гелікоптері. Хлопець упевнений, що решту свого життя проведе на нудній та нікому не потрібній посаді, але ця упевненість швидко розбивається вже після першої рятувальної місії. Казухіро розуміє, що його робота зовсім не безглузда, як йому здавалося. До того ж, він зовсім не готовий до неї. Тепер Казухіро змушений докласти всіх зусиль, щоб влитися в чіткий та розмірений темп життя рятувальників на авіабазі. Щоб самому стати одним із них.

Стосунки між Академмістечком та магами стають все напруженішими. Каміджьо Тома змушений і далі захищати своїх друзів від обох сторін таємничою силою своєї правиці, яка здатна стирати будь-яку паранормальну силу. У цій боротьбі він не сам: допомагатимуть йому старі та нові союзники.

Тринадцятирічна дівчинка на ім'я Рейчел прокидається в підвалі будівлі, не пам'ятаючи, як вона потрапила туди і не знаючи причин, через які опинилася в такому скрутному становищі. Блукаючи по будівлі в пошуках виходу, дівчинка натрапляє на серійного вбивцю з косою в руках. Як вони опинилися тут? Чи можливо вижити у цьому божевіллі? Де шукати вихід?