Дія аніме Наруто відбувається у світі, що дуже схожий на середньовічну феодальну Японію. На території великої країни у потаємних місцях сховано кілька селищ, що воюють одне з одним. У цих селищах у ролі військових виступають спеціально навчені люди - ніндзя-шинобі. Вони являють собою окрему верству населення і дуже схожі на самураїв. Головний герой аніме - Наруто Узумакі - веселої вдачі хлопець з Селища, Прихованого у Листі. Коли він щойно народився, на це селище напав могутній дев'ятихвостий демон-лис. Ціною страшних втрат демона вдалося перемогти, але його силу прийшлося запечатати всередині немовляти - Наруто. Наруто живе, навіть не підозрюючи про це. Але деякі люди, хто пережив ті страшні часи, знають цю таємницю і стороняться Наруто, вважаючи його уособленням демона, і побоюючись, що прийде час і жахливий дев'ятихвостий лис звільниться на свободу. Не розуміючи причини, Наруто відчуває, що до нього ставляться не так, як до інших дітей. Це його, звичайно ж, не влаштовує. І він вирішує шляхом наполегливих тренувань стати найкращим з усіх ніндзя селища - хокаге, щоб усім довести, що він заслуговую на пошану. Тим часом Наруто і його друзі-однолітки щойно закінчили академію і одержали «посвідчення» у вигляді пов'язок. Зразу ж після закінчення герої потрапляють в безліч небезпечних ситуацій, знаходять друзів, зустрічають ворогів...